از امام علی النقی چند یادگاری همچون زیارت جامعه کبیره، زیارت غدیریه، دعای کوتاه در کنار قبر مبارک آن حضرت، نماز بالای سر در حرم حضرت رضا (ع) و تعقیبات نماز… به یادگار مانده است.

درباره زیارت جامعه کبیره که اقیانوسی مواج از معارف الهی و مضامین عالی مشتمل بر معرفی مقام ائمه علیهم السلام است؛ همین بس که به تعبیر علامه مجلسی(ره) زیارت جامعه کبیره از نظر سند و روایت از صحیح‌ترین و قوی‌ترین زیارات ائمه(ع) است که در حرم هر یک از ائمه معصومین(ع) آن زیارت را می‌خوانیم.

زیارت غدیریه نیز سندی بسیار معتبر دارد و روایتگران آن از بزرگان شیعه هستند، این زیارت مربوط به روز عید غدیری است که امام هادی در سفری که به اجبار متوکل از مدینه به سامرا داشتند، ایشان در نجف اشرف این زیارت را خطاب به قبر مطهر جدّ بزرگوارشان حضرت علی(ع) قرائت کردند.

این نکته قابل توجه است که «زیارت غدیریه» را به مانند «زیارت عاشورا» می‌توان هر روز خواند که محدث قمی این زیارت را به طور کامل در کتاب شریف «مفاتیح الجنان» آورده است.

همچنین امام هادی آنقدر برای زائران و دوستداران و شیعیان خیر می‌خواهند که فرمودند: از خدا خواسته‌ام که هر کس این دعا را در کنار قبر من بخواند ناامید برنگردد: « یا عُدَّتى عِنْدَ الْعَُدَدِ وَ یا رَجآئى وَالْمُعْتَمَدَ وَ یا کَهْفى وَالسَّنَدَ یا واحِدُ یا اَحَدُ وَ یا قُلْ هُوَ اللَّهُ اَحَدٌ اَسْئَلُکَ الّلهُمَّ بِحَقِّ مَنْ خَلَقْتَ مِنْ خَلْقِکَ وَلَمْ تَجْعَلْ فى خَلْقِکَ مِثْلَهُمْ اَحَداً صَلِّ عَلى جَماعَتِهِمْ وَافْعَلْ بى کَذا وَ کَذا ؛ اى ذخیره من در برابر ذخیره‌ها و اى امید من و تکیه‌گاهم و اى پناهگاه، و پشت و پناهم اى یگانه‌ یکتا و اى که درباره خود فرمودى: بگو خدا یکى است، از تو خواهم. خدایا به حق هر کس از آفریدگانت خلق کردى و هیچ کس را مانند آنها در میان آفریدگانت قرار ندادى درود فرست بر گروه آنها و درباره من چنین و چنان کن.(در اینجا حاجات خود را بگویید)»

امام علی النقی همچنین به پیروان اهل بیت(ع) که به زیارت حرم مطهر امام رضا(ع) مشرف می شوند نمازی را آموخته اند. ایشان فرمودند: «هر کس از خداوند حاجتی دارد پس قبر جدم حضرت رضا را در طوس زیارت کند و دو رکعت نماز نزد قبر او بگزارد و در قنوت نماز حاجتش را طلب کند. خداوند دعایش را اجابت می کند مگر اینکه در مورد گناه یا قطع رحم باشد.»

از «علی بن مهزیار» روایت شده که «محمدبن ابراهیم» به حضرت امام علی النقی نامه ای نوشت که اگر مصلحت می دانید به من دعایی تعلیم دهید که بعد از هر نماز بخوانم تا خداوند به سبب آن خیر دنیا و آخرت به من عنایت فرماید.

امام هادی این دعا را آموزش دادند: «اَعُوذُ بِوَجْهِکَ الْکَریمِ وَ عِزَّتِکَ الَّتى لا تُرامُ وَ قُدْرَتِکَ الَّتى لا یَمْتَنِعُ مِنْها شَىْءٌ مِنْ شَرِّ الدُّنْیا وَالاْخِرَةِ وَ مِنْ شَرِّ الاَْوْجاعِ کُلِّها وَلا حَوْلَ وَلا قُوَّةَ اِلاّ بِاللَّهِ الْعَلِىِّ الْعَظیمِ».