علامه محمدتقی جعفری با وجود آن همه مشغولات علمی و مطالعات و تحقیقات مفصل، اهل ذکر نیز بودند. یکی از اطرافیان ایشان در این باره نقل می کند که، «در حرم حضرت فاطمه معصومه علیهاالسلام در کنار استاد نشسته و مشغول خواندن زیارت بودم. پس از زیارت و نماز، استاد تسبیحی به دست گرفتند و مشغول ذکری طولانی شدند. پیش خود تعجب کردم که استاد با این همه مشاغل فکری و مطالعاتی و علمی، چطور این همه وقت به ذکر گفتن اختصاص می دهند و عبارتی را صدها بار تکرار می کنند و دوره تسبیح می گردانند؟… پس از اتمام ذکر خدمت استاد عرض کردم: شما چطور این همه وقت صرف ذکر گفتن کردید؟ با خنده زیبایی که خیلی از اوقات بر لبانشان بود، فرمود: «خدا می داند که در این ذکر گفتن چه اسراری هست و چه ابوابی را به روی انسان باز می کند، چه درهایی از حکمت می گشاید و چه رزق هایی در این اذکار نهفته است». بعد اضافه فرمودند: «بسیاری از مشکلات با همین ذکرها برای من حل و آسان شده است.”