از مباحث مهم در سیره امام علی(ع)، رفتار حضرت با دشمنان است.این بحث، هم از جهت دشمن شناسی و هم شیوه درست برخورد با دشمن را می آموزاند. امام علی(ع) با دشمنانی مواجه بود که پیامبر(ص)با این نوع دشمن مواجه نبود. پیامبر با کسانی مقابله کرد که با گفتار و رفتار خود زنده بادبت!! می گفتند اما امام علی(ع) با کسانی رو به رو بود که سابقه درخشانی در خدمت به اسلام داشتند! اهل عبادت و قرآن و شب زنده داری بودند; با این همه از روح مکتب بی خبر بوده و همین امور، زمینه ساز مقابله آنان با حکومت عدالت گستر مولا علی(ع)شد. امام علی(ع) در حقیقت با نفاق پنهان مواجه بود و پرواضح است که برخورد با این دشمن به مراتب سخت تر از برخورد با کفر آشکاراست. بر این اساس است که امام علی(ع) برخورد با دشمنانی این چنین را از مفاخر خود برمی شمرد: «ایها الناس فانی فقات عین الفتنه و لم یکن لیجتری ء علیها احد غیری بعد ان ماج غیهبها واشتد کلبها; مردم! این من بودم که چشم فتنه را درآوردم و کسی جز من جرات بر آن نداشت بعد از آن که امواج فتنه همه جاگسترده بود و هاری آن فزونی یافته بود.»حکومت حدودا پنج ساله امیر مؤمنان علی(ع) با سه جریان مخالف مواجه بود:

1- جاه طلبان و مقام پرستان که در خط مقدم بیعت کنندگان بامولا علی(ع) بودند و امید آن داشتند که از این راه بتوانند به دنیایی آباد و مقام و ریاستی که در پی آن بودند برسند، اما پس از آن که امام علی(ع) به حکومت رسید و ارزش های الهی را به جای ارزش های پوسیده جاهلی نهاد، از حکومت حضرتش مایوس شده و شروع به مخالفت با آن نموده و علیه حکومت اسلامی امام علی(ع) شورش کردند نام این گروه در تاریخ اسلام «ناکثین » -پیمان شکنان می باشد.

2- ظالمانی که از حکومت پیشین بهره ها می بردند، دزدی ها وغارت گری ها می نمودند و از این راه اموال فراوانی به هم زده بودند و با سر کار آمدن حکومت عدل از این غارت گری ها ممنوع گشته و به شدت با ستم آنان مبارزه شد. نام این گروه در تاریخ اسلام «قاسطین » است. «قسط » هم به معنای عدالت و هم به معنای ظلم و عدول از حق آمده است. راغب در مفردات می گوید:«قسط به معنی سهم و نصیب است و هرگاه سهم و نصیب دیگری گرفته شود، قسط به آن گفته می شود و این مصداق ظلم است.

 3- کوته فکران و متحجرانی که فقط ظاهری از دین را دیده بودندو حقیقت آن را نفهمیده بودند و به شدت بر عقیده باطل خوداستوار بودند. اینان نیز سر شورش بر حکومت مولا علی(ع)برآوردند. نام این گروه «مارقین » است و نام دیگرشان خوارج که بعد از داستان حکمین، در صفین بر ضد امام برخاستند و پرچم مخالفت را برافراشتند. این واژه، از ماده «مروق » به معنای پرش تیر از کمان است گویی آنها قبلا در دایره حق بودند ولی به خاطر تحجر و نادانی و خودخواهی از مفاهیم اسلامی و تعلیمات آن به دور افتادند.

این سه جریان مخالف را پیامبر گرامی اسلام(ص) در سخنان خود به صراحت پیش بینی فرموده بود: ابو ایوب انصاری گوید: «امر رسول الله(ص) علی بن ابی طالب(ع) بقتال الناکثین و القاسطین و المارقین; پیامبر اکرم(ص) به علی(ع) دستور داد که با سه گروه ناکثین و قاسطین و مارقین پیکار کند.» خود حضرت نیز در خطبه شقشقیه با همین نام مخالفین خود را نام برده است: «فلما نهضت بالامر نکثت طائفه و مرقت اخری و قسط آخرون…; هنگامی که قیام به امر خلافت کردم جمعی پیمان خود را شکستند و گروهی به بهانه ای واهی سر از اطاعتم پیچیدند و از دین خدا بیرون پریدندو دسته دیگری راه ظلم و طغیان را پیش گرفتند.»